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美問必答 | 合成生物學酶改造的標準操作流程(SOP)和經(jīng)驗之談

2024-12-31
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合成生物學(亦稱工程生物學),生命科學領域的一門新興交叉科學,正以其獨特的魅力引領著我們對生命的深入理解與創(chuàng)新應用。它不僅是探索生命奧秘的“新鑰匙”,更是預示未來技術革命的“顛覆者”。在科技日新月異的今天,合成生物學與眾多學科的深度融合,加之政府政策的扶持與市場需求的激增,共同鋪就了一條通往無限可能的廣闊道路。

為了助推合成生物學的蓬勃發(fā)展,美迪西云講堂特邀生物部高級研究員/項目經(jīng)理劉超 博士帶來直播《合成生物學&生物催化在生物制藥領域的應用》。點擊鏈接“http://www.7080m.com/video/syntheticbio-catalysis.shtml”,回顧劉超博士全場直播。

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Q 請問美迪西對于酶的改造優(yōu)化的周期是多久?

劉超博士:在美迪西,我們能夠在2至3個月的時間內(nèi)完成兩輪酶的進化過程,期間會對大約2000個突變體進行篩選和檢測,以確保優(yōu)化效果。

Q 美迪西進行酶改造有沒有什么經(jīng)驗可以分享的嗎?

劉超博士:當然,美迪西在酶改造方面積累了豐富的經(jīng)驗。首先,我們擁有一套完善的SOP(標準操作流程),這些SOP都是經(jīng)過實戰(zhàn)檢驗、行之有效的。其次,我們深知并非所有酶都能通過改造提高催化性能,因此需要在投入和產(chǎn)出之間找到平衡。與科研機構(gòu)不同,我們不能長時間專注于一個課題的研究,而是需要在有限的時間內(nèi)取得盡可能多的成果。如果經(jīng)過SOP流程后,酶的性能仍未得到顯著提升,我們會與客戶進行充分溝通,共同探討后續(xù)方案。

合成生物學.webp

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Q 請分享一下美迪西酶改造的SOP?

劉超博士:美迪西酶改造SOP結(jié)合了理性設計和半理性設計的理念。理性設計主要依據(jù)保守性分析和自由能變化,結(jié)合氨基酸在3D結(jié)構(gòu)中的位置來確定改造目標。不同的人可能會使用不同的軟件進行分析。而半理性設計則參考了德國馬普所的Reetz教授提出的組合活性中心位點的策略,我們設計了簡并密碼子,進行有限的飽和突變,以期獲得性能更優(yōu)的酶。

Q 關于高通量篩選,劉老師有什么好的建議嗎?

劉超博士:這個問題確實非常關鍵。在酶的定向進化過程中,突變體文庫篩選的通量往往成為制約研究進度的瓶頸。雖然這個問題具有一定的挑戰(zhàn)性,但我們可以借鑒一些成功的策略來應對。正如美軍在戰(zhàn)爭中采用的“火力覆蓋,地毯式轟炸”戰(zhàn)術一樣,我們也需要一種能夠全面、高效地覆蓋所有突變體的篩選方法。在美迪西,我們采用HPLC(高效液相色譜)進行逐一檢測,這種方法雖然耗時較長,但能夠確保每一個突變體都得到充分的檢測,從而篩選出性能更優(yōu)的酶。雖然目前尚未有一種完美的、通用的高通量篩選方法,但我們認為,通過不斷優(yōu)化篩選流程和提高檢測效率,我們可以逐步逼近這一目標。

在新藥研發(fā)的臨床前研究階段,如果您有任何不解之處,或者對某個專題有深入研究的興趣,請?zhí)岢瞿膯栴}和寶貴意見。美迪西將全力支持,與您攜手共進,在新藥研發(fā)的道路上一起探索前行。

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